Hiện giao thông từ thành phồ Châu Đốc về trung tâm huyện An Phú (13 km) và từ An Phú kéo dài đến tận biên giới, thị trấn Long Bình (23 km) được mở rộng và hình thành QL91C. Dự kiến cầu Long Bình - Chrey Thom khi hoàn thành sẽ giúp thời gian đi từ Châu Đốc - Phnom Penh (110 km) dễ dàng hơn.

Từ ngã tư xã Quốc Thái (cách thị trấn biên giới Long Bình 10 km) rẽ trái 2,5 km là đến Búng Bình Thiên, đi tiếp 4,5 km dọc sông Bình Di (một nhánh phía Tây của Sông Hậu bắt nguồn từ Campuchia rẽ vào Việt Nam tại đầu nguồn Khánh Bình), tuyến biên giới là đến trung tâm hành chính xã Nhơn Hội. Đường nhựa phẳng lì, xe ô tô lớn trên 40 chỗ và xe tải chở hàng có thể về tận trung tâm xã.

Ngoài ra, tại đồn đối diện đồn biên phòng 937 đóng trên địa bàn xã Nhơn Hội, bên phía đất bạn Campuchia có bến cano xuất phát đi tỉnh lỵ TaKeo (Camphuchia), thời gian mất khoảng 45-60 phút (40 km), trong đó có đoạn chạy qua kênh Lò Gò (Angkor Borei)- TaKeo gần 20 km, đây là con kênh nguyên do lính thuộc chế độ Kh-me đỏ thực hiện. Kênh tuy nhỏ, nhưng vào mùa lũ (tháng 8-12 hàng năm), nước chảy rất xiết.

Từ ngã ba sông Nhơn Hội, ngoài tuyến đường thủy (cano) đi Campuchia, còn có tuyến đường thủy đi Châu Đốc (khoảng 30 km), chạy dọc biên giới qua các xã Phú Hội, Vĩnh Hội Đông, Đa Phước. Đây là tuyến đường sông quan trọng thứ hai ở huyện An Phú, sau tuyến đường sông từ Châu Đốc đi cửa khẩu Khánh Bình thông qua ngã thị trấn An Phú.

An Phú là một huyện cù lao, phù sa hàng năm, giao thông thủy chiếm phần quan trọng trong đời sống kinh tế xã hội.